总公司可以随时注销分公司。因为公司可以设立分公司，设立分公司要向公司登记机关申请登记，领取营业执照。但是分公司不具有法人资格，其民事责任会让总公司承担。分公司被总公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，总公司需要从决定作出起的30天内，向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
注销分公司流程如下：
1、持分公司营业执照副本，到工商登记部门领取分公司注销登记申请书，并根据规定填写共同委托代理人或指定代表的证明；
2、准备好注销登记的材料。因为分公司是不具备法人资格的，所以注销登记材料需要由所属公司作出决定并签署，并加盖公章；
3、材料准备完成后，向工商登记机关提交；
4、分公司注销登记经工商登记机关核准后，分公司需要带着《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法承担民事责任。
