建设工程合同纠纷的处理流程是，当事人可以先自行协商，然后协商不成的，可以依法向起诉或申请仲裁；再由或仲裁机构审理，并进行调解；调解不成的，及时作出相应的裁决。
【法律依据】
《中华人民共和国民事诉讼法》第九十三条
人民审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。
第九十九条
调解未达成协议或者调解书送达前一方反悔的，人民应当及时判决。
第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民受理民事诉讼的范围和受诉人民管辖。
第一百二十条
起诉应当向人民递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
《中华人民共和国仲裁法》第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
